Hãng này được hình thành từ nhiều nhà đầu tư Việt Nam mà đại diện là Công ty đầu tư phát triển sản xuất Hạ Long (Kiên Giang). Theo đề án ban đầu, hãng có tên là Phú Quốc Air, được Thủ tướng Chính phủ cho phép thành lập theo đề nghị của Ủy ban Nhân dân tỉnh Kiên Giang[2]. Tuy nhiên, đến tháng 10 năm 2008, trên giấy phép chính thức thành lập mang tên Công ty Cổ phần Hàng không Mê Kông, tên giao dịch là Mekong Aviation Joint Stock Company, với vốn điều lệ là 200 tỷ đồng.